Seit 1899 werden in Freyung evangelische Gottesdienste gehalten. Zunächst fanden die Gottesdienste nur drei-, später achtmal im Jahr im Gemeinderatssaal des Rathauses statt. In den 1930er Jahren trug man sich mit Plänen für den Bau einer eigenen Kirche, die jedoch nicht mehr verwirklicht werden konnte. Durch die stark angewachsene
Gemeindegliederzahl durch Flüchtlinge nach dem Zweiten Weltkrieg durften die Evangelischen in Freyung zunächst die katholische Friedhofskapelle St. Sebastian für ihre Gottesdienste nutzen. Von 1948 an wurde eine Baracke in der Nähe des Friedhofs als Notkirche angemietet, das Emmaus-Gemeindeheim. Bald wurden für die Flüchtlinge in den Dörfern rund um Freyung auch in den Außenorten Gottesdienste angeboten. 1953 konnte schließlich ein Grundstück an der Grafenauer Straße mit zwei Häusern erworben werden, die - mit denwenigen vorhandenen Mitteln - zum Pfarr- und Gemeindehaus umgebaut wurden. Daneben wurde mit (für die arme Gemeinde) immensem finanziellen Aufwand mit dem Bau einer Kirche begonnen. Am 14. November 1954 feierte die (damals noch als Exponiertes Vikariat zu Passau gehörende) Gemeinde die Einweihung der „Friedenskirche“. 1974 wurde das alte Gemeindehaus samt Pfarrhaus abgerissen und neu aufgebaut. Auch die Friedenskirche wurde gründlich renoviert. Seit 1981 hat sie eine zweimanualige Orgel. 1993 gab man dem Innenraum seine heutige Gestalt. Nachdem das ehemalige Altar-Kruzifix für einige Jahre aus dem Kirchenraum entfernt worden war, fand es nach einer Gemeindeversammlung im Jahr 2013 einen neuen Platz an der Westwand des Kirchenschiffes.